本题主要考查质量保证金的处理。
选项A正确，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。
选项B正确，采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他方式的，发包人不得再预留质量保证金。
选项C正确，由于承包人原因导致工程无法按规定期限进行竣工验收的，缺陷责任期从实际通过竣工验收之日起计。
选项D错误，由于发包人原因导致工程无法按规定期限进行竣工验收的，在承包人提交竣工验收报告90 天后，工程自动进入缺陷责任期。