新生儿败血症最常见的病原菌是金黄色葡萄球菌，其次为大肠埃希菌，还有链球菌、表皮葡萄球菌等。出生后感染主要经脐部、皮肤、黏膜、呼吸道或消化道等侵入感染，尤以脐部多见。出生前、出生时的感染，发病多数在生后3天内，病原菌以革兰阴性杆菌，特别是肠道菌属多见(如大肠埃希菌)。出生后感染者发病较晚，多在出生3天以后，以革兰阳性球菌(葡萄球菌)多见。