选项A错误，质量保证金预留总额不得高于工程价款结算总额的3%。
选项B正确，在工程项目竣工前，承包人已经提供履约担保的，发包人不得同时预留工程质量保证金。
选项C正确，质量保证金原则上采用质量保证金保函方式。
选项DE正确，质量保证金的扣留有以下三种方式：
（1）在支付工程进度款时逐次扣留，在此情形下，质量保证金的计算基数不包括预付款的支付、扣回以及价格调整的金额；
（2）工程竣工结算时一次性扣留质量保证金；
（3）双方约定的其他扣留方式。