本题考查的是合同价款约定内容。
选项A正确，工程质量保证金按合同中约定数额(常见为合同价款的3%) 扣留。
选项B错误，我国现行计价规范规定，进度款支付比例最高不超过90%。
选项C正确，工程质量保证金的约定归还时间可以根据工程质量缺陷期的规定及合同的约定按期退还。
选项D正确，争议解决的常用方法有协商、调解、仲裁和诉讼等。
选项E正确，如果施工中出现施工索赔与现场签证，通常由承包人在索赔事件发生后的28天内提出索赔金额，发包人现场代表或授权的监理工程师在收到索赔报告后7天或10天以内对其进行核对。