重大设计变更文件，由项目法人按原报审程序报原初步设计审批部门审批。一般设计变更由项目法人组织审查确认后，并报项目主管部门核各，必要时报项目主管部门审批。题目中主要建筑物形式变化、水库库容变化、主要料场场地变化均属于重大设计变更;对于堤防工程局部基础处理方案变化属于一般设计变更。因此选择C选项。