2016年3月，某县税务机关拟对辖区内某房地产开发企业开发的房地产项目进行土地增值税清算。该房地产开发企业提供的资料如下：
(1)2013年9月以18000万元协议购买用于该房地产项目的一宗土地，并缴纳了契税。
(2)2014年3月开始动工建设，发生开发成本6000万元；小额贷款公司开具的贷款凭证显示利息支出3000万元(按照商业银行同类同期贷款利率计算的利息为2000万元)。
(3)2015年12月该房地产项目竣工验收，扣留建筑安装施工企业的质量保证金600万元，未开具发票。
(4)2016年1月该项目已销售可售建筑面积的90％，共计取得收入54000万元；可售建筑面积的10％以成本价出售给本企业职工。
(5)该企业已预缴土地增值税1080万元。
(其他相关资料：当地适用的契税税率为3％。)
要求：根据上述资料，按照下列序号回答问题，如有计算需计算出合计数。
(1)简要说明税务机关要求该企业进行土地增值税清算的理由。
(2)计算该企业清算土地增值税时允许扣除的土地使用权支付的金额。
(3)计算该企业清算土地增值税时允许扣除的营业税、城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。
(4)计算该企业清算土地增值税时允许扣除项目金额的合计数。
(5)计算该企业清算土地增值税时应补缴的土地增值税。