本题考查主要医学典籍的分类。《黄帝内经》分《黄帝内经素问》和《灵枢》两部分。
D选项，《灵枢》不仅论述了人体的生理、病理、诊断、治疗，以及阴阳五行、脏腑气血津精、人与自然等医学理论，更侧重于经络理论和针刺方法，是全面系统总结我国汉代以前中医学理论、经络学说和针刺技术的经典著作，为后世医学尤其是针灸学的发展奠定了坚实的基础。
A选项，《伤寒论》书中总结了先秦两汉时代的医学成就，继承与发展了《内经》的基本理论，创造性地将医学理论与临床实践紧密结合。
B选项，《巢氏诸病源候论》是我国第一本证候学专著。该书继承和发展了中医病因病机学理论，对后世影响很大，为历代医家所推崇。
C选项，《肘后备急方》是方书典籍，全书总结了东晋以前的中医急症治疗成就，许多记载具有很高的医学史料价值,在急症的病因、病理上时有发明。
E选项，《素问》作为现存最早、最为系统的医学经典著作，全面总结了秦汉以前古代医学的临床经验和理论。创建了阴阳、五行、脏腑、经络、精气神等各种医学理论，确立了因时、因地、因人制宜的辨证施治原则，形成了独具特色的中医学理论体系，并为其发展奠定了坚实的基础。
故正确答案是D。