本题考查斗谱编排基本原则。
B选项，知母与玉竹因性状相似但功效不同而不宜排列在一起。
A选项，芫花与甘草属于“十八反”配伍禁忌，不宜放在一起。
C选项，附子与白附子属于药名相近，但性味功效不同的饮片，不宜放在一起。
D选项，肉桂与赤石脂属于“十九畏”配伍禁忌，不宜放在一起。
E选项，麻黄与麻黄根属于同一植物来源，但不同药用部位入药，且功效不相同的饮片，不宜放在一起。
故正确答案是B。