小企业长期债券投资相关账务处理如下：
(1)2021年1月1日，长期债券投资入账价值=1040-40+2=1002(万元)。
借：长期债券投资——面值1 000
  ——溢折价2
  应收利息40
  贷：银行存款(1040+2)1042
(2)2021年1月5日实际收到购买价款中包含的已到付息期但尚未领取的利息时：
借：银行存款40
  贷：应收利息40
(3)2021年12月31日，计提利息，采用直线法对取得投资时发生的交易费用摊销：
借：应收利息(1000×4％)40
  贷：长期债券投资——溢折价[2／(5-1)]0．5
    投资收益39．5
2021年12月31日长期债券投资的账面价值=1002-0．5=1001．5(万元)。