为了规范基金会的行为，扩大基金会的公开、透明程度，加强政府部门于基金会的监管，维护基金会、捐赠人和受益人的合法权益，国家规范了对基金会的审计制度。审计分为年度审计、离任和换届审计以及专项审计3种类型。
基金会开展以下活动的，应当实施专项审计，在活动结束后向登记管理机关报送经注册会计师审计的专项审计报告，并按照登记管理机关的要求向社会公布。
(1)重大公益项目，分为3种情形：一是当年该项目的捐赠收入占基金会当年捐赠总收入的1／5以上且金额超过人民币50万元的；二是当年该项目的支出占基金会当年总支出的1／5以上且金额超过人民币50万元的；三是持续时间超过3年的。
(2)因参与处理自然灾害等突发事件需要开展的募捐活动。
(3)登记管理机关要求进行专项审计的其他活动。