Ⅰ项正确。基金财产的债权不得与托管人固有财产的债务相抵销；不同基金财产的债权债务不得相互抵销。
Ⅱ项正确。基金财产独立于基金托管人的固有财产，基金托管人不得将基金财产归入其固有财产。
Ⅲ项正确。基金托管人因破产等原因进行清算的，基金财产不属于其清算财产。
Ⅳ项错误。基金托管人必须将基金资产与其自有资产，以及不同基金的资产严格隔离。不同基金之间在账户设置、资金划拔、账册记录等方面应完全独立，实行专户、专人管理。
故本题选C。