生态功能保护区的保护措施包括：①停止一切导致生态功能继续退化的开发活动和其他人为破坏活动；②停止一切产生严重环境污染的工程项目建设；③严格控制人口增长，区内人口已超出承载能力的应采取必要的移民措施；④改变粗放生产经营方式，走生态经济型发展道路；⑤对已经破坏的重要生态系统，要结合生态环境建设措施，认真组织重建与恢复，尽快遏制生态环境恶化趋势。同时加强生态监测与评估能力建设，构建脆弱区生态安全预警体系。在全国生态脆弱典型区建立长期定位生态监测站，全面构建全国生态脆弱区生态安全预警网络体系。