根据《全国主体功能区规划》，国家层面主体功能区中禁止开发区域的管制原则有：①国家禁止开发区域要依据法律法规规定和相关规划实施强制性保护；②严格控制人为因素对自然生态和文化自然遗产原真性、完整性的干扰；③严禁不符合主体功能定位的各类开发活动；④引导人口逐步有序转移，实现污染物“零排放”，提高环境质量。