商业银行应当建立内部控制问题整改机制，明确整改责任部门，规范整改工作流程，确保整改措施落实到位。同时应当建立内部控制管理责任制，强化责任追究。具体做法包括：①董事会、高级管理层应当对内部控制的有效性分级负责，并对内部控制失效造成的重大损失承担管理责任；②内部审计部门、内控管理职能部门应当对未适当履行监督检查和内部控制评价职责承担直接责任；③业务部门应当对未执行相关制度、流程，未适当履行检查职责，未及时落实整改承担直接责任。