设置通风系统的汽车库，其通风系统宜独立设置。喷漆间、电瓶间均应设置独立的排气系统。A正确；
汽车库内无直接通向室外的汽车疏散出口的防火分区，当设置机械排烟系统时，应同时设置补风系统，且补风量不宜小于排烟量的 50%。B错误；
汽车库、修车库应划分防烟分区，防烟分区的建筑面积不宜大于2000㎡， 且防烟分区不应跨越防火分区。D错误；
当采用自然排烟方式时，可采用手动排烟窗、自动排烟窗、孔洞等作为自然排烟口，并应符合下列规定：2 自然排烟口应设置在外墙上方或屋顶上，并应设置方便开启的装置；C正确；
防烟分区可采用挡烟垂壁 、 隔墙或从顶棚下凸出不小于 0.5 m的梁划分。E正确。
本题答案为ACE。