在建工程损失26万元的经济损失应补偿给承包人。理由：不可抗力造成工程本身的损失，由发包人承担。施工机具损坏损失12万元的经济损失不应补偿给承包人。理由：不可抗力造成施工机械设备损坏，由承包人承担。工程清理、修复费用3.5万元的经济损失应补偿给承包人。理由：不可抗力造成工程所需清理、修复费用，由发包人承担。项目监理机构应批准的补偿金额：26+3.5=29.5万元。