修改或删除会计科目的顺序与增加会计科目的顺序相反，应遵循“自下而上”的原则，必须先从最末级会计科目开始，删除的会计科目不能为已经使用的会计科目。若修改或删除的会计科目已经输入期初余额或本期发生额，系统会提示该科目已经制单或已录入期初余额，不能删除，必须先删除该科目下的期初余额或本期发生额，才能删除该会计科目。