甲公司是一个运输公司，根据营业税改增值税的规定，适用的增值税税率为9%。某月甲公司，承担A公司一批货物的运输，将一批货物从北京运往广州，其中从北京到上海由甲公司负责运输，从上海到广州由其子公司负责运输，并且甲公司单独向其子公司支付运费。运输完成后，甲公司及其子公司分别开出了增值税运输专用发票，甲公司发票上注明的价款为100万元；其子公司发票上的价款为40万元。上述公司均为增值税一般纳税人，价款已经全部支付。不考虑其他因素，甲公司关于该业务的处理正确的有（　）。