注册会计师一般针对重大的各类交易、账户余额和披露实施实质性程序；某些风险评估程序可同时为评价控制设计、确定控制是否得到执行以及控制运行有效性提供审计证据，如穿行测试更多地在了解内部控制时运用，同时也可能获取部分控制运行有效性的审计证据；注册会计师在了解内部控制后，只对那些准备信赖的内部控制执行控制测试，并且只有当信赖内部控制而减少的实质性程序的工作量大于控制测试的工作量时，控制测试才是必要和经济的。