确定识别出的非财务报告内部控制缺陷为重大缺陷的，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和经理层沟通（选项A正确），提醒企业加以改进；同时在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷描述段（选项C正确），对重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响程度进行披露，提示内部控制审计报告使用者注意相关风险，但无须对其发表审计意见（选项B、D错误）。