职能制企业组织结构的优点如下：将企业管理工作按职能分工，适应了现代企业生产技术比较复杂、管理工作分工较细的特点。同时，提高了管理的专业化程度，减轻了各级领导者的工作负担。其缺点如下：容易形成多头领导，有可能妨碍企业的统一指挥，不利于建立健全责任制，影响整体工作效率的提高。