竣工决算审计的程序应包括以下四个阶段：
(1)审计准备阶段。包括：①审计立项、②编制审计实施方案、③送达审计通知书等环节。
(2)审计实施阶段。包括：①收集审计证据、②编制审计工作底稿、③征求意见等环节。
(3)审计报告阶段。包括：①出具审计报告、②审计报告处理、③下达审计结论等环节。
(4)审计终结阶段。包括：①整改落实和②后续审计等环节。