工程建设项目设计招标评标方法通常采用综合评估法。选项A正确。
工程设计投标的评比一般分为技术标和商务标两部分，通常，如果招标人不接受投标人技术标方案的投标书，即被淘汰，不再进行商务标的评审。选项B错误。
评标委员会应对投入、产出经济效益比较进行评审。选项C错误。
设计方案评审内容主要包括：设计指导思想是否正确；设计产品方案是否反映了国内外同类工程项目较先进的水平；总体布置的合理性，场地利用系数是否合理等。选项D正确。
工程设计招标同样要对投标人进行资格审查。选项E错误。
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