两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民法院提起诉讼。选项A正确。
原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖（法律规定），选项B错。
有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖，选项C错。
人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决;协商解决不了的，报请其共同上级人民法院指定管辖，选项D错。
因此本题正确选项为A。