质量保证金的计算额度不包括预付款的支付、扣回以及价格调整的金额。选项A错误。
需要注意的是，根据《建设工程质量保证金管理办法》的规定，承包人已经缴纳履约保证金或者采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他担保方式的，发包人不得再预留质量保证金。选项B错误。
缺陷责任期满时，承包人向发包人申请到期应返还承包人剩余的质量保证金，发包人应在14 天内会同承包人按照合同约定的内容核实承包人是否完成缺陷责任。如无异议，发包人应当在核实后将剩余质量保证金返还承包人。选项C错误。
缺陷责任期满时， 承包人没有完成缺陷责任的， 发包人有权扣留与未履行责任剩余工作所需金额相应的质量保证金余额，并有权要求延长缺陷责任期，直至完成剩余工作为止。选项D正确。