工程变更包括工程师指示的变更和承包商建议的变更，不论何种变更，都必须由工程师发出变更指令。选项A正确。
在明确构成工程变更的情况下，承包商当然享有工期顺延和调价的权利，无须再依据索赔程序发出索赔通知。选项B正确。
承包商建议的变更包括两类：一类是工程师征求承包商的建议，另一类是承包商基于价值工程主动提出的建议。选项C不准确。
如果没有可供参考的相关费率或价格，则新的资率或价格应根据实施该项工作的合理费用，以及合同专用条款中规定的利润率(如果没有，按5%计取) ，并考虑任何相关事件后确定。选项D正确。
如果由工程师批准的建议包括对部分永久工程的设计的改变，除非双方另有约定，应当由承包商自费完成该部分工程的设计工作并承担相应的义务。选项E错误。