特别重大质量事故由水利部组织调查。需要注意的是，根据《生产安全事故报告和调查处理条例》(中华人民共和国国务院令第493号)的规定，特别重大事故是指造成30人以上死亡，或者100人以上重伤(包括急性工业中毒) ，或者1亿元以上直接经济损失的事故。特别重大质量事故由国务院或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。