水行政主管部门主管水利工程质量监督工作。水利工程质量监督机构按总站、中心站、站三级设置。具体为：
①水利部设置全国水利工程质量监督总站，与水利部建设管理与质量安全中心合署办公；水利部设置水利工程设计质量监督分站，与水利水电规划设计总院合署办公;各流域机构设置流域水利工程质量监督分站作为总站的派出机构。
②各省、自治区、直辖市水利（水电）厅（局）及新疆生产建设兵团水利局设置水利工程质量监督中心站。
③各地（市）水利（水电）局设置水利工程质量监督站。