本题考查保健食品的生产经营管理。
A选项，《食品安全法》将特殊医学用途配方食品参照药品管理的要求予以对待，规定该类食品应当经国家市场监督管理部门注册。
B选项，婴幼儿配方食品生产企业应当将食品原料、食品添加剂、产品配方及标签等事项向省级市场监督管理部门备案，婴幼儿配方乳粉产品配方应当经国务院市场监督管理部门注册批准。
C选项，首次进口的保健食品中属于补充维生素、矿物质等营养物质的，应当报国务院食品安全监督管理部门备案。因此答案选C。
D选项，使用保健食品原料目录以外原料的保健食品和首次进口的保健食品应当经国务院食品安全监督管理部门注册。