吴茱萸中的吴茱萸碱为色胺吲哚类生物碱，此类化合物中含有色胺部分。简单吲哚类生物碱，如板蓝根、大青叶中的大青素B，蓼蓝中的靛苷等。单萜吲哚类生物碱的结构较复杂，如萝芙木中的利血平、番木鳖中的士的宁等。双吲哚类生物碱是由两分子单吲哚类生物碱聚合而成的衍生物，如长春花中具有抗癌作用的长春碱和长春新碱。有机胺类生物碱的结构特点是氮原子不在环状结构内，如麻黄中的麻黄碱，秋水仙中的秋水仙碱，益母草中的益母草碱等。