选项A不符合题意，注册会计师应当以书面形式及时向治理层通报审计过程中识别出的值得关注的内部控制缺陷；选项B不符合题意，在与被审计单位沟通值得关注的内部控制缺陷时，注册会计师应当特别说明考虑与财务报表编制相关的内部控制的目的是设计适合具体情况的审计程序，而不是对内部控制的有效性发表审计意见；选项C符合题意，某些情况下，注册会计师除了将值得关注的内部控制缺陷告知治理层之外，还应告知相应层级的管理层；选项D不符合题意，值得关注的内部控制缺陷，是指注册会计师根据职业判断，认为足够重要从而值得治理层关注的内部控制的一个缺陷或多个缺陷的组合。综上，本题应选C。