学校保护的方法有：实施素质教育、关爱与尊重、开展成长教育、确保健康与安全、对有严重不良行为的未成年学生实施专门教育。其中，关爱与尊重强调，学校应当尊重未成年学生受教育的权利，关心、爱护学生，对品行有缺点、学习有困难的学生，应当耐心教育、帮助，不得歧视，不得违反法律和国家规定开除未成年学生。学校、幼儿园、托儿所的教职员工应当尊重未成年人的人格尊严，不得对未成年人实施体罚、变相体罚或者其他侮辱人格尊严的行为。