应用溶栓酶十分常见表浅部位的出血或内脏出血，为预防出血尤其是严重出血，要严格选择适应证和禁忌证。
使用溶栓药后是否使用肝素可由医生决定，一般可皮下注射低分子肝素。若肝素静脉滴注，需监测激活的部分凝血活酶时间，以调整剂量。
溶栓酶可用于急性心肌梗死，血流不稳定的急性大面积肺栓塞，急性缺血性脑卒中，不用于预防用药。
尿激酶溶栓治疗应与阿司匹林联用，可增加疗效，且不显著增加严重出血的发生率。  
早期治疗可恢复组织供血、修复和缩小脑梗死面积，采取脑保护措施减轻再灌注损伤。超过6h的缺血性脑卒中者可给予尿激酶。