《中国药典》对毒性成分的测定多采用高效相色谱法，如制川乌、制草乌、附子中的双酯型生物碱（以含新乌头碱、次乌头碱、乌头碱的总量计），马钱子中的士的宁，斑蝥中的斑蝥素等。千里光中的阿多尼弗林碱、川楝子和苦楝皮中的川楝素等毒性成分测定采用高效液相色谱-串联质谱法，解决了常规高效液相色谱法灵敏度较低、分离不理想的问题。

外源性有害物质包括重金属及有害元素、农药残留量、黄曲霉毒素及二氧化硫残留量。重金属及有害元素包括重金属检查、砷盐检查及铅、镉、砷、汞、铜测定。《中国药典》对人参、西洋参、甘草和黄芪有机氯农药的残留量进行了规定，五氯硝基苯 (PCNB) 不得超过 0.1mg/kg。中药中主要的内源性有毒、有害物质是指中药本身所含的具有毒副作用的化学成分。这些化学成分大多为生物的次生代谢产物，如(1) 肾毒性成分的马兜铃酸；(2) 肝毒性成分的吡咯里西啶生物碱，主要存在于千里光、佩兰等药材中；(3) 有些成分具双重作用。