系统缺陷包括以下三个方面：①计算机系统中断、业务应急计划不力造成代理业务中的数据丢失而引发损失。如代理证券买卖因系统中断使客户不能及时买入／卖出股票而遭受损失；②系统设计和／或系统维护不完善，造成数据／信息质量不符合委托方要求；③违反系统安全规定造成系统运行不畅、难以兼容、数据传送失败等影响委托方业务等。在系统方面，最典型的风险是电脑“千年虫”的风险，世界各地的商业银行为此支付了巨额费用。