国家设立保护基金制度是投资者保护体系的一个重要组成部分。其意义在于：
(1)可以在证券公司出现关闭、破产等重大风险时依据国家政策用于保护投资者权益，通过简捷的渠道快速地对投资者特别是中小投资者予以保护；
(2)有助于稳定市场，防止证券公司个案风险的传递和扩散；
(3)是对现有的国家行政监管部门、证券业协会和证券交易所等行业自律组织、市场中介机构等组成的全方位、多层次监管体系的一个重要补充，在监测证券公司风险、推动证券公司积极稳妥地解决遗留问题和处置证券公司风险方面亦发挥着重要作用；
(4)为我国建立国际成熟市场通行的证券投资者保护机制搭建了平台，为我国资本市场制度建设向国际化靠拢提供了契机。