A选项正确。
B选项错误，非责任原因的变更设计，属于不可抗力的，按合同约定处理；属于风险包干范围的，按风险包干相关规定处理；其他变更设计增减工程费用，除相关规定外，由建设单位承担，相关事宜在合同中明确。
C选项错误，Ⅱ类变更设计不单独计取勘察设计费。
D选项正确。
E选项错误，变更设计履行审批程序并经批准的，其费用方可纳入项目概算；未履行审批程序并经批准的，其费用不得纳入项目概算。