建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内办理建设工程竣工验收备案，A选项错误。
备案机关发现建设单位在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定行为的，应当在收讫竣工验收备案文件15日内，责令停止使用，重新组织竣工验收。B选项正确。
工程质量监督机构应当在工程竣工验收之日起5日内，向备案机关提交工程质量监督报告。C选项错误。
《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》规定，备案机关收到建设单位报送的竣工验收备案文件，验证文件齐全后，应当在工程竣工验收备案表上签署文件收讫。D选项错误。