20世纪90年代，“乡政村治”治理面临着深层的治理危机，具体表现在：①村民自治的落实困难重重，村民自治程度不高、政府干预过多，“两委关系”失调、乡村关系紧张；村民自治中民主决策、民主管理、民主监督机制的不完善尤为突出；②乡村治理“内卷化”问题突出；③乡政与村治的脱节；④农民负担过重，成为世纪之交中国乡村治理危机的核心问题。