禁止将有毒有害废弃物作土方回填，避免污染水源。A选项错。
施工现场土方作业应采取防止扬尘措施，主要道路应定期清扫、洒水。B选项正确。
施工现场宜选用低噪声、低振动的设备，强噪声设备宜设置在远离居民区的一侧，并应采用隔声、吸声材料搭设的防护棚或屏障。C选项正确。
施工现场应设置排水管及沉淀池，施工污水应经沉淀处理达到排放标准后，方可排入市政污水管网。应达到排放标准，故D选项错。
施工现场严禁焚烧各类废弃物。故E选项正确。