本题考查的是合同管理。
项目监理机构可按下列程序处理施工单位提出的工程变更：
①总监理工程师组织专业监理工程师审查施工单位提出的工程变更申请，提出审查意见。
②总监理工程师组织专业监理工程师对工程变更费用及工期影响作出评估；
③总监理工程师组织建设单位、施工单位等共同协商确定工程变更费用及工期变化，会签工程变更单；
④项目监理机构根据批准的工程变更文件监督施工单位实施工程变更。
因此，本题的正确答案为B。