索赔款中的总部管理费主要指的是工程延期期间所增加的管理费。包括总部职工工资、办公大楼、办公用品、财务管理、通信设施以及企业领导人员赴工地检查指导工作等开支。这项索赔款的计算，目前没有统一的方法。在国际工程施工索赔中总部管理费的计算有以下几种：
(1)按照投标书中总部管理费的比例(3%~8%) 计算：
总部管理费=合同中总部管理费比率(%) X (人、料、机费用索赔款额+现场管理费索赔款额等)
(2)按照公司总部统一规定的管理费比率计算：
总部管理费=公司管理费比率(%) X (人、料、机费用索赔款额+现场管理费索赔款额等)
(3)以工程延期的总天数为基础，计算总部管理费的索赔额，计算步骤如下:
对某一工程提取的管理费=同期内公司的总管理费×该工程的合同额/ 同期内公司的总合同额
该工程的每日管理费=该工程向总部上缴的管理费/合同实施天数
索赔的总部管理费=该工程的每日管理费×工程延期的天数