万古霉素典型不良反应偶见急性肾功能不全，肾衰竭，间质性肾炎，肾小管损伤，一过性血肌酐，尿素氮升高，过敏反应及过敏样症状（皮疹、瘙痒），抗生素相关性腹泻。万古霉素和去甲万古霉素快速滴注时可出现血压降低，甚至心跳骤停，以及喘鸣、呼吸困难、上部躯体发红（红人综合征，主要由嗜碱性粒细胞和肥大细胞释放组胺引起的，用苯海拉明和减慢万古霉素输注速度可以避免该反应的发生）、胸背部肌肉痉挛等。大剂量、长疗程、老年患者或肾功能不全者使用万古霉素或去甲万古霉素时 ，易发生听力减退，甚至耳聋。