土工织物在码头工程中主要是应用其反滤功能。
1.重力式码头 在重力式码头工程中，采用土工织物作为反滤层，代替传统的粒状反滤材料具有许多优点:：首先，土工织物是连续的，不必担心因滤层的不连续致使反滤失效；其次，复杂形状断面的滤层施工也很方便；施工中不存在粒状材料滚滑的问题。 对岸壁缝隙多而分散的方块码头，可在背后棱体的顶面和后坡面设置土工织物反滤层，反滤层的形状依棱体的形状而变化。 对分缝少而集中的沉箱码头和扶壁式码头，可在接缝处设置土工织物反滤腔（在接缝空腔内设置土工织物反滤层）。
2．高桩码头和板桩码头 用土工织物代替高桩码头后方抛石棱体上的反滤层，以防止抛石棱体后方回填土因潮位变化而流失，反滤作用良好，施工也很方便。 在板桩码头的板桩墙面设有排水孔，以减少水位变化时所形成的墙前后水头差，排水孔一般孔径为5~10cm，间距为3~5m，采用土工织物代替结构比较复杂、施工比较烦琐的传统反滤体，简单而有效。 由于涨、落潮使作为反滤层的土工织物承受正、反双向渗流的作用，因此，应按双向渗流设计土工织物反滤层；施工中织物下棱体表面要做整平处理，防止织物被顶破；铺设织物时，应留有褶皱，以免因棱体的不均匀沉降拉坏织物。