本题考查的是建设用地使用权的内容：
选项A：建设用地使用权可以在土地的地表、地上或者地下分别设立。故A选项错误 。
选项B：设立建设用地使用权的，应当向登记机构申请建设用地使用权登记。建设用地使用权自登记时设立。故B选项错误 。
选项C：住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。故C选项正确
选项D：建设用地使用权是因建造建筑物、构筑物及其附属设施而使用国家所有的土地的权利。建设用地使用权只能存在于国家所有的土地上，不包括集体所有的农村土地。故D选项正确
选项E：建设用地使用权消灭的，出让人应当及时办理注销登记。故E选项正确
故答案选C,D,E