A正确。建设单位可以依法采用招标或者直接发包的方式选择工程总承包企业。
B正确。政府投资项目的项目建议书、可行性研究报告 、 初步设计文件编制单位及其评估单位，一般不得成为该项目的工程总承包单位 。 
C正确。《建设工程质量管理条例》进一步规定，建设工程实行总承包的，总承包单位应当对全部建设工程质量负责。
D错误。鼓励设计单位申请取得施工资质，已取得工程设计综合资质 、行业甲级资质、建筑工程专业甲级资质的单位，可以直接申请相应类别施工总承包一级资质 。 
E错误。工程分包不能免除工程总承包企业的合同义务和法律责任，工程总承包企业和分包企业就分包工程对建设单位承担连带责任。