水利工程建设项目可行性研究报告中应明确项目法人组建主体，提出建设期项目法人机构设置方案。A选项错。
在国家确定的重要江河、湖泊建设的流域控制性工程及中央直属水利工程，原则上由水利部或流域管理机构负责组建项目法人。B选项正确。
新建库容10 亿m³以上或坝高大于70m的水库、跨地级市的大型引调水工程，应由省级人民政府或其授权部门组建项目法人，或由省级人民政府授权工程所在地市级人民政府组建项目法人。C选项错。
积极推行按照建设运行管理一体化原则组建项目法人。D选项正确。
对已有工程实施改、扩建或除险加固的项目，可以以已有的运行管理单位为基础组建项目法人。E选项正确。