财务净现值指标的不足之处有：
①必须首先确定一个符合经济现实的基准收益率，而基准收益率的确定往往比较困难；
②在互斥方案评价时，财务净现值必须慎重考虑互斥方案的寿命，如果互斥方案寿命不等，必须构造一个相同的分析期限，才能进行各个方案之间的比较；
③财务净现值也不能真正反映技术方案投资中单位投资的使用效率；
④不能直接说明在技术方案运营期间各年的经营成果；
⑤没有给出该投资过程确切的收益大小，不能反映投资的回收速度。