当事人对仲裁协议效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出。 当事人既可以请求仲裁委员会作出决定，也可以请求人民法院裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。
当事人向人民法院申请确认仲裁协议效力的案件，由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地的中级人民法院或者专门人民法院管辖。
题干中已经明确合同约定，“因合同所发生的争议，提交【A仲裁委员会】仲裁”，当事人向人民法院申请确认仲裁协议效力的案件，由【仲裁协议约定】的【仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地】的【中级人民法院或者专门人民法院】管辖，依据题意可知，已经明确了是A仲裁委员会，故答案为D选项最符合题意（A仲裁委员会）。