A选项，属于可撤销合同。
B选项，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》 (法释(【2004】 14 号)规定当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。"因此，招标人与中标人另行签订合同的行为属违法行为，所签订的合同是无效合同。B选项只是说，合同未按规定备案，并未说明，所订立的合同属于【另行订立的合同】，与相关规定不冲突，故不属于无效合同的情形。
C选项，政府投资项目不得由施工单位垫资建设。并未强制性规定，普通项目不得垫资。故不属于无效合同的情形。
D选项，法律、行政法规中包含强制性规定和任意性规定。强制性规定排除了合同当事人的意思自由，即当事人在合同中不得协议排除法律、行政法规的强制性规定，否则将构成无效合同。应当指出的是，法律是指全国人大及其常委会颁布的法律，行政法规是指由国务院颁布的法规。在实践中，【有的将仅违反了地方规定的合同认定为无效是违法的。违背公序良俗的民事法律行为无效】。故D选项属于无效合同 。